首先，刑法总则的规定适用于刑法分则，对刑法分则起指导作用，尤其是在分则规定模糊、不周延或者因为经济社会发展而出现滞后的情况下，需要对分则条文进行解释时，应遵照刑法总则的规定尤其是总则中的刑法的基本原则进行解释。但是，如果分则有特殊规定，根据特别法优于一般法的原则，则按该特殊规定执行。例如，根据刑法第六十七条第三款的规定，犯罪嫌疑人虽不具有自首情节，但是如实供述自己罪行的，可以从轻处罚，因其如实供述自己罪行，避免特别严重后果发生的，可以减轻处罚。而根据刑法第三百八十三条的规定，犯贪污罪，在提起公诉前如实供述自己罪行、真诚悔罪、积极退赃，避免、减少损害结果的发生，可以从轻、减轻或者免除处罚。相比于刑法总则，刑法分则相应条款增加了免除处罚的规定，具体适用时，应按刑法分则规定量刑。
其次，刑法总则的内容对于其他包含犯罪和刑罚内容的法律也适用，在适用其他法律规定定罪处罚时，应遵循刑法总则的规定。但是，如果其他包含犯罪和刑罚内容的法律对于刑法总则规定的有关问题又作出了特殊规定，根据特别法优于一般法的原则，应依照该法律的特别规定执行。